ساخت و سازهای غیر معیاری در شهر هرات باعث آلوده گی آب های زیر زمینی شده است. اداره محیط زیست این ولایت می گوید برنامه هایی وجود دارد تا در آینده بتوانند سیستم های تصفیه را در انتهای چاه های فاضلاب نصب و از آب تصفیه شده آن در کارهای صنعتی و زراعتی استفاده نمایند.