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德土关系恶化的转折点是2016年发生的未遂军事政变。安卡拉政府在之后的大清洗以及一系列镇压活动，让两国关系渐行渐远，至今没有出现回暖的迹象。
2016年3月31日，埃尔多安因“诽谤诗土耳其领导人”之名起诉德国政治讽刺艺人波默曼 （Jan Böhmermann， 图右），当年10月4日，德国检察院撤销该案，不过，这个案子在德土两国的外交关系上刻下深深的伤痕，至今还未愈合。
2016年6月2日，德国联邦议院全体通过了以上议案，该决议谴责土耳其前身、当年的奥斯曼政权对亚美尼亚民族犯有种族屠杀罪。安卡拉政府迅即对此作出反应，不仅召回驻柏林大使，土耳其在德国社区在多个城市举行了抗议活动。此前，土耳其政府对使用“种族屠杀”这一字眼描述当年的事件多次提出批评。安卡拉还认为，当年被屠杀的人数被认为夸大，受害者当中也包括土耳其穆斯林人。
2016年7月15日，土耳其发生矛头直指埃尔多安政权的未遂军事政变。安卡拉指责柏林对该事件的态度不够明朗，对打击海外“葛兰运动”势力不予配合。埃尔多安认为，葛兰运动是该次政变的幕后推手。
未遂政变发生后，土耳其政府开始对军队和司法机关进行大清洗，逮捕数千人。后来，清洗扩大到整个公营部门，包括大学的工作人员和讲师教授。德国政界批评这一肆意逮捕的镇压行为。土耳其外交官、学者以及军人纷纷逃往国外，很多人在德国申请政治避难。
居住在德国的库尔德人在科隆市举行多次声势浩大的抗议安卡拉镇压的示威活动。他们呼吁释放关押数十年之后的库尔德工人党领袖奥贾兰（Abdullah Ocalan），但“库尔德工人党”在土耳其政府眼里是“恐怖组织”，该组织在德国也是被禁止的。安卡拉认为，柏林没有尽最大努力阻止库尔德工人党的活动。
2017年2月14日，《世界报》记者于切尔（Deniz Yücel）在土耳其被逮捕。在那里被抓的其他德国籍人士还包括记者土露（Mesale Tolu）以及人权活动家施托伊特纳（Peter Steudtner）。柏林方面认为i，这一系列逮捕均出于“政治动机”。安卡拉则指责他们支持恐怖组织。目前三人均已回到德国，但他们的案子仍在等候审理。
2017年3月，德国一些基层地区阻止土耳其部长为即将到来的修宪作宣传拉票活动。修宪旨在让埃尔多安总统获得更大的权力。土耳其总统于是指责德国使用“纳粹伎俩”对待在德土耳其人以及到访的土耳其议员。德国立即回应土耳其，认为“纳粹”说法不仅过分，而且越界。
2017年3月30日，德国谴责土耳其情报人员监视数百名生活在德国的葛兰运动的支持者，以及200多个同该运动有牵连的机构和学校。有土耳其避难申请者指责说，德国移民局内有官员将信息透露给土耳其亲政府的报纸。
2017年8月18日，埃尔多安总统称德国的3大主要政党是“土耳其的敌人”，呼吁在德土耳其裔公民在当年9月议会大选时不要投它们的票。这3大党是基民盟、社民党和绿党。默克尔则称，埃尔多安“操纵”德国大选。
2017年9月4日，德国总理默克尔在一次竞选辩论时说，她不认为土耳其应成为欧盟一员，并且将同欧盟其他领导人探讨如何终止安卡拉入盟进程。当年10月，她对一个削减土耳其前期入盟基金的动议投了赞同票。
2018年1月20日，土耳其军方联合叙利亚反对派向阿福林市库尔德人控制区实施了“橄榄枝行动”。德国政界批评该军事行动，在德库尔德人为此发动多次抗议示威。
2018年2月16日，在被无审判监禁了一年多之后，拥有德土双重国籍的德国记者于切尔获得释放。根据土耳其国家媒体，于切尔“取保候审”，检方因“宣传恐怖罪”和煽动罪要求判处于切尔18年有期徒刑。
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